1. Отделы, осуществляющие полномочия по ветеринарному и фитосанитарному надзору 

• Отдел ветеринарного надзора на Государственной границе РФ, транспорте и лицензионного контроля
• Отдел государственного ветеринарного надзора
• Отдел по надзору в области семеноводства, безопасности и качества зерна
• Отдел надзора по карантину растений
• Отдел государственного земельного надзора 

2. Отделы, обеспечивающие деятельность Управления

• Отдел правового обеспечения, государственной службы и  документационного обеспечения 
• Отдел финансов и обеспечения деятельности